Leptospirose et botulisme : anticiper les risques sanitaires des milieux aquatiques grâce à la PCR digitale

Publié le 17 septembre 2026
Catégorie : Expertise
Cygnes, canards et ragondin dans un plan d'eau.

Les risques sanitaires dans les milieux aquatiques exigent des outils d’analyse de plus en plus précis pour préserver la santé publique, les usages récréatifs et la biodiversité. Le laboratoire QUALYSE met son expertise en biologie moléculaire au service des collectivités, des gestionnaires de sites de baignade, des exploitants agricoles ou encore des acteurs de l’environnement pour surveiller et anticiper les menaces liées à certains microorganismes pouvant être pathogènes pour l’Homme ou les animaux, comme la leptospirose et le botulisme environnemental.

La leptospirose, une maladie zoonotique potentiellement présente en milieu aquatique

La leptospirose est une maladie grave causée par des bactéries spirochètes du genre Leptospira et pouvant affecter l’Homme et les animaux. Principalement transmise par l’urine d’animaux réservoirs (comme les rongeurs), elle peut persister plusieurs semaines voire plusieurs mois dans les eaux et les sols humides.

Pourquoi mettre en place une surveillance ?
La contamination peut survenir par contact avec de l’eau souillée au niveau d’une muqueuse ou d’une lésion cutanée lors de baignades, d’activités nautiques ou de travaux en milieu aquatique.

Son rôle ? Evaluer et anticiper le risque
Le milieu naturel héberge à la fois des souches inoffensives (dites saprophytes) et des souches pathogènes. Nos analyses permettent à la fois de détecter la présence potentielle de leptospires pathogènes et d’évaluer la présence globale du genre bactérien grâce au ciblage du gène ADNr 16S.

Le botulisme environnemental, une menace majeure pour la faune et l’élevage

Le botulisme est une affection neurologique sévère causée par des neurotoxines issues de la bactérie Clostridium botulinum. Dans l’environnement, cette bactérie se développe dans les sédiments, la matière organique en décomposition et les zones d’eau stagnante pauvres en oxygène.

Pourquoi mettre en place une surveillance ?
Lors de périodes chaudes ou de baisses de niveau d’eau, la Clostridium botulinum peut se développer et entraîner rapidement une mortalité massive chez les oiseaux sauvages ainsi que des intoxications graves dans les élevages à proximité de zones humides.

Son rôle ? Evaluer et anticiper le risque
Notre méthode, basée sur les recommandations de l’ANSES, repose sur une étape d’enrichissement en conditions anaérobies suivie de l’extraction des acides nucléiques et de la détection des souches environnementales de Clostridium botulinum (mosaïques C, D, C/D et D/C). La réalisation d’autocontrôles réguliers au cours du temps permet ainsi aux gestionnaires de sites d’intervenir rapidement avant la survenue d’une mortalité aviaire massive.

Vos enjeux sanitaires et environnementaux

Contrairement aux indicateurs réglementaires classiques des eaux de baignade (comme E. coli ou les entérocoques), il n’existe pas de seuil d’analyse ni de fréquence réglementaire de prélèvement obligatoire pour la surveillance de la leptospirose (Leptospira spp.) ou du botulisme (Clostridium botulinum) dans les eaux. L’obligation relève principalement de la gestion des risques, de la prévention et des devoirs de sécurité des exploitants !


Néanmoins, depuis août 2023, la leptospirose est inscrite sur la liste des maladies à déclaration obligatoire (MDO) auprès des autorités de santé (ARS). Selon le code de la santé publique, les collectivités et gestionnaires de zones de baignade doivent réaliser un profil de baignade en identifiant toutes les sources de pollution et les risques pour la santé des baigneurs.

Si le site est identifié à risque, par exemple avec la présence de rongeurs, le gestionnaire doit inclure une surveillance adaptée ou justifier de mesures de prévention dans sa surveillance.
La survenue d’un cas humain lié à un plan d’eau entraîne une enquête épidémiologique et des obligations d’analyses immédiates sur le site. Ainsi qu’une obligation de prévention professionnelle pour les employeurs dont les agents travaillent en milieu aquatique (eaux usées, naturelles, de baignade, etc.). En effet, le code du travail impose une évaluation des risques biologiques, des mesures de protection et de suivi sanitaire dans l’environnement de travail des salariés.

Vous souhaitez mettre en place une surveillance ou réaliser une analyse ponctuelle ?

Nous proposons des prestations de recherche et de quantification par PCR digitale (dPCR), spécialement développées pour les eaux naturelles (lacs, étangs, cours d’eau), les zones de baignade, les eaux usées et les sédiments. Nos équipes scientifiques et techniques sont à votre disposition pour définir la stratégie d’échantillonnage la plus adaptée à vos bassins, plans d’eau, etc.

Choisir QUALYSE, c’est choisir un accompagnement sur mesure

Nos équipes vous accompagnent à chaque étape : de la stratégie d’échantillonnage et de préparation des prélèvements sur le terrain jusqu’à l’aide à l’interprétation des résultats d’analyse.

Contacts et informations

Pour toute question ou demande d’information, contactez-nous via notre formulaire de contact.

Ensemble, agissons pour un territoire sain et sûr

Partager cet article

Nos engagements

Laboratoire public
français
Accréditation Essais n° 1-7303
Liste des sites et portées disponibles
sur www.cofrac.fr
Réactivité à vos demandes de prestations
Qualiopi
Certification
Qualiopi
Proximité / Résilience /
Responsabilité collective